بیمارستان شهید سید مصطفی خمینی طبس یک بیمارستان عمومی که در حال حاضر دارای 128 تخت فعال شامل بخشهای بستری جراحی عمومی،جراحی مغز و اعصاب، ارتوپدی،گوش و حلق و بینی، اورولوژی، چشم ،زنان و زایمان، اطفال، داخلی، عفونی، قلب، اعصاب و روان، نوزادان، دیالیز، ناباروری،CCU ، ICU ،NICU و بخش های پاراکلینیک شامل آزمایشگاه، پاتولوژی ، رادیوگرافی، سونوگرافی، ماموگرافی، سی تی اسکن ، MRI ،آندوسکوپی، اکوکاردیوگرافی ، تست ورزش و فیزیوتراپی می باشد که درآخرین ارزشیابی بعمل آمده درگروه بیمارستانهای درجه یک قرارگرفته است.