تنها مرکز درمانی شهرستان، بیمارستان شهید سید مصطفی خمینی واقع در شهر طبس که ساختمان قدیم آن در سال 1352 احداث گردیده و به قبل از زلزله سال 57 طبس مربوط می شود که در آن حادثه 40 تا 50 درصد تخریب شده است.

ساختمان بیمارستان قدیم شهید سیدمصطفی خمینی طبس در زمینی به مساحت 17000 مترمربع و زیربنای 7500 مترمربع در دو طبقه احداث گردیده که از زمان ساخت آن در سال 1352،  بخش اورژانس و درمانگاه در سال 1359، بخش قلب و سی سی یو در سال 1369، واحدهای حسابداری، درآمد و ترخیص در سال 1375 و بخش دیالیز در سال 1386به مجموعه قبلی اضافه شده است.

با توجه به فرسودگی ساختمان بیمارستان احداث بیمارستان جدید طبس در زمینی به مساحت 7/8 هکتار و در 6 طبقه با زیربنای 10600 مترمربع مصوب گردید که کار احداث آن از بهمن ماه 1387 آغاز و در تاریخ سوم دیماه 1393 بهره برداری از این بیمارستان به صورت رسمی آغاز گردید.

بیمارستان شهید سید مصطفی خمینی طبس یک بیمارستان عمومی که در حال حاضر دارای 111 تخت فعال شامل بخشهای بستری جراحی عمومی، ارتوپدی،گوش و حلق و بینی، اورولوژی، چشم ،زنان و زایمان، اطفال، داخلی، عفونی، قلب،داخلی مغز و اعصاب،جراحی مغز و اعصاب، اعصاب و روان ،CCU ، ICU ، NICU،POSTCCU می باشدکه درآخرین ارزشیابی بعمل آمده درگروه بیمارستانهای درجه یک قرارگرفته است.

علاوه برمجموعه های فوق این مرکز دارای بخشهای اورژانس، همودیالیز، تالاسمی، زایشگاه، اتاق عمل،آزمایشگاه،آندوسکوپی، رادیولوژی، سونوگرافی، سی تی اسکن، اکوکاردیوگرافی، تست ورزش، درمانگاه عمومی و تخصصی می باشد.